شرارة الأحداث اندلعت في الجامع الذي كان يلقي به بن باديس دروسه، وهو جامع الأخضر بقسنطينة، عندما اقتحمه في ليلة جمعة أثناء صلاة العشاء يهودي سكران، وراح يسب قرابة الإثنى عشرة من المصلين ويزعم بأنه شاهد عوراتهم، فحاولوا تفاديه، ولكن هذا اليهودي المدعو إلياهو خليفي راح يسبّ النبي صلى الله عليه وسلم، وبالرغم من الشكوى التي أودعها المصلون لدى مصالح الأمن، إلا أن اليهودي رفض الامتثال للاستدعاء، وواصل استفزازه للجميع رفقة زوجته في حي رحبة الصوف، حيث راحا يطلان من النافذة ويسبان النبي صلى الله عليه وسلم، وتجمهر الناس ليلا وبدأ البعض يدعوا لمهاجمة البيت وحرقه بمن فيه، فقاما رجال الشرطة بحراسة بيت اليهودي، وهنا انضم بقية اليهود خاصة أنهم في حيّهم ومعقلهم برمي المتجمهرين بالبيادين وغيرها من الأواني والقاذورات، فاندلعت حرب الحجارة، حيث رشق المتجمهرون منازل اليهود، فاستخرج بعض اليهود بنادقهم ومسدساتهم وأطلقوا الرصاص. وحاول رجال الدين المرسّمين من طرف الاستعمار، ومنهم مفتي قسنطينة إقناع المسلمين بالعودة لبيوتهم ولكنهم طردوه واعتبروه سببا في الإهانات التي تصلهم من اليهود، الشيخ بن باديس في تغطيته للأحداث لم يكتف بسرد الوقائع، بل كان يعود ليقدم استنتاجاته، فكان يذكّر الناس بخصال اليهود مثل الغرور والاستمتاع في إيذاء المسلمين، ويذكّرهم أيضا بأن الشرطة الفرنسية تحمي اليهودي إن أخطا وترمي المسلم في السجن إن أخطأ.
حدث هذا كله والشيخ بن باديس لم يعلم سوى في صبيحة اليوم الموالي، عندما توجه إلى مكتبه بجريدة الشهاب، ليجد استعداء بلغه من شرطي فرنسي يدعى فيزرو، الذي طلب من الشيخ أن يطفئ نار الفتنة، وكان بن باديس رفقة مترجمه السيد أحمد يحيى، لأن ابن باديس رغم إتقانه اللغة الفرنسية إلا أنه كان يرفض التحدث بها، وشرح لرجل الأمن بأن المسلمين يرفضون إيذاء نبيهم، وحتى المسؤول على المدينة الأول بمقام الوالي وكان يدعى لينديل، وعد المسلمين في خطاب أمام الناس بمحاسبة اليهودي إلياهو خليفي، وردّ عليه الشيخ بن باديس قائلا أن المسلمين لا يمكنهم الصبر دائما على التعدّي على أمر دينهم، وقال كلمة زلزلت الجميع "نستطيع أن نمسك بغضب المسلمين إلا إذا أهينوا في دينهم فإن الأمر حينئذ يصعب علينا" ثم خاطب الوالي الفرنسي اليهود، وهنا أيضا تدخل الشيخ بن باديس وراح يعدّد الكثير من الاعتداءات التي قام بها اليهود اتجاه العائلات القسنطينية، حيث تعرض تلميذ من عائلة بلبجاوي لكسر خطير بعد أن هاجمه أطفال يهود، وأشار بن باديس إلى اعتداء تعرض له هو ومدير الشهاب السيد أحمد بوشمال، وقال بأنه ستر الواقعة حتى لا تندلع أحداث دامية، وهو الاعتداء الذي لم يعد إليه ابن باديس ولا المرحوم بوشمال فدفنا تفاصيله معهما، وطالب أيضا بنزع السلاح الذي أدخل الغرور في قلوب اليهود. ولم يكتف بن باديس بذلك بل دعا الناس للحضور بقوة إلى الجامع الكبير بشارع طريق جديدة، وطالبهم بالهدوء رغم أنهم جاؤوا ثائرين يريدون الانتقام، لأن اليهود واصلوا استفزازهم وتهديهم بالسلاح الناري، وظن الشيخ في اليوم الموالي أن النفوس هدأت، ولكنه عندما كان يقدم محاضراته اليومية سمع دوي الرصاص واتضح أن النار قد اشتعلت فأوقف محاضراته، ووجد قرب مكتبه مجموعة من العسكر أجبروه على التوجه إلى بيته بحي القصبة، وحتى الصحافة الفرنسية ومنها "لاكسيون فرانساز" قالت إن اليهود هم أول من أطلق النار، وبدأ الطلق من محل يهودي للمصوغات، وأصيب العشرات من الأهالي بجروح متفاوتة الخطورة، وانتشر خبر الاعتداء في قسنطينة فحدث الهجوم الكبير على أنهج اليهود ودكاكينهم فحطموها وأحرقوا السلع الموجودة فيها، من دون نهب، وسقط حسب الشيخ بن باديس أكثر من عشرين قتيلا من اليهود، وحسب الصحافة الفرنسية ثلاثون، وحمّل بن باديس المستعمرين تبعات ما حدث، لأنه طالب بنزع بنادقهم وقوبل طلبه بالرفض، وتساءل بن باديس في استنتاجاته عن تمكّن اليهود من موقع القرار، وتمكنهم من كل الوظائف المهمة والعادية، وضرب مثلا عن وجود قرابة الأربعين من موزعي البريد من اليهود بينما لا يزيد عدد الفرنسيين عن خمسة وموزع بريد واحد من المسلمين. وسقط من اليهود خمس نسوة وستة من الصبيان اعتبر الشيخ دماءهم في رقبة السلطة التي تركت الشرارة تتحول إلى لهيب، ورد الشيخ على الذين حجّموا خسائر المسلمين بالقول أن دكاكينهم قليلة وبضاعتهم أيضا قليلة، وهلك من المسلمين حسب بن باديس رجلان تلقوا طلقات نارية بالرصاص، وجرح أربعة أطفال بالرصاص بينما سقط كل اليهود قتلى بالعصي، ليعلن الوالي الفرنسي بعد ذلك حالة الحصار على المدينة قاطبة، وراح اليهود ينتقمون في العديد من المدن ومنها عين البيضاء، حيث أطلق شرطي يهودي النار على طفل صغير توفي في مستشفى قسنطينة فانتقل الشيخ بن باديس رفقة الشيخ بن الموفق إلى عاصمة الحراكتة لتهدئة النفوس، وواصل اليهود في ليلة الاثنين هجومهم على المساجد وانتقلت الإهانات إلى مسجد سيدي الكتاني، فخرّبوا آثاثه، وكسرو كل ما فيه. وواصل بن باديس مساعيه لإطفاء الفتنة وكان رفقة والده السيد محمد المصطفى الذي شرح المظالم التي يعاني منها المسلمون، وتجوّل بن باديس في الأنهج وألقى أكثر من عشر خطب على الأهالي، ولولا ذلك لكانت المجزرة أكبر، ويشهد التاريخ على أن معركة قسنطينة أو فاجعة قسنطينة هي الحادثة التي ألهبت العداء بين اليهود والمسلمين في الجزائر، فوقف اليهود ضد الثورة وغادروا قسنطينة قبل الاستقلال بسنوات ولم يبق منهم فرد واحد.
